MBR膜生物反应器膜孔堵塞清理时使用微孔曝气器，通过曝气产生的气泡及水流，使膜丝充抖动对膜进行擦洗。同时采用间歇的运行方式，自吸泵抽吸 13 分钟，停止 2 分钟，可防止膜孔堵塞，使长期的稳定运行成为可能。初始使用时，生化池微生物培养达到活性好，粘性较小时，膜片才开始投入运行。系统运行时，采用恒定流量办法，严格禁止出水流量不稳定
碱性清洗液清洗法：可以有效去除MBR膜生物反应器中蛋白质污染,破坏凝胶层,使其从膜表面剥离下来。酸类清洗剂可以溶解并去除无机矿物质和盐类,溶出结合在凝胶层和水垢层中的铜、镁等无机金属离子,将残存的凝胶层和水垢层从膜表面彻底清洗以恢复其通透能力。使用酸或碱液清洗时,膜组件若浸泡时间过长,会重新吸附被酸和碱溶液溶解的有机物,故需把握适当的清洗时间。此外,在清洗过程中应尽量避免酸、碱、氧化剂过量而泄漏到反应器中。
海绵球清洗法：用水力控制海绵球经过MBR膜生物反应器膜表面,可以强行去除膜表面的污染物,但去除硬质污垢时易损伤膜表面,需小心操作。对平片膜组件只用简单的在线海绵擦洗,便可以基本恢复膜通量,从而起到了减少化学清洗次数,降低清洗费用的作用。
